Одним из продуктов MikroTik является RouterOS — сетевая операционная система на базе Linux. RouterOS предназначена для установки на маршрутизаторы Mikrotik RouterBoard. Также данная система может быть установлена на ПК, превращая его в маршрутизатор с функциями брандмауэра, VPN-сервера/клиента, QoS, точки доступа и другими. Система также может служить в качестве Captive-портала на основе системы беспроводного доступа.

Операционная система имеет несколько уровней лицензий с возрастающим числом функций. Кроме того, существует программное обеспечение под названием Winbox, которое предоставляет графический интерфейс для настройки RouterOS. Доступ к устройствам под управлением RouterOS возможен также через FTP, Telnet, и SSH. Существует также API, позволяющий создавать специализированные приложения для управления и мониторинга.